7月29日(金)に実施される平成28年度全国高等学校総合体育大会サッカー競技大会の三回戦組合せは以下の通り。

三回戦組み合わせ
埼玉県１　昌平（初出場）　×　群馬県　前橋商（4年ぶり17回目）
静岡県　静岡学園（3年ぶり5回目）　×　大阪府１　大阪学院大高（初出場）
兵庫県　滝川第二（2年連続23回目）　×　広島県２　瀬戸内（9年連続11回目）
鹿児島県　鹿児島城西（3年ぶり6回目）　×　千葉県２　市立船橋（4年連続26回目）
青森県　青森山田（17年連続20回目）　×　茨城県　鹿島学園（2年ぶり6回目）
石川県　星稜（5年連続25回目）　×　鳥取県　米子北（9年連続12回目）
大阪府２　履正社（2年連続3回目）　×　宮崎県　日章学園（3年ぶり12回目）
山梨県　日本航空（7年ぶり2回目）　×　千葉県１　流通経済大柏（2年連続13回目）