1926年の第9回大会より代表校が東京都から全国高校サッカー選手権大会へ出場している。1982年の第61回大会を例外として、1981年からは東京都予選はAブロックとBブロックに分かれ、これを勝ち抜いた2チームが参加している。そしてこれまでに代表校として全30校が選手権に出場。出場回数1回のチームは全部で9校あり、以下の通りである。

[出場数1回]
東京八中／都小山台（1936）
都五中／都小石川（1947）
都九高／都北園（1950）
豊多摩高校（1953）
朝鮮高校（1955）
教大付/高師付中筑波大付（1959）
早大学院（1962）
創価高校（1981）
東亜高校（1994）

　出場数1回で最も近年に出場した高校が東亜学園。東京都中野区に所在する私立高等学校であり、1986年に神保岳史氏が監督に就任し、1994年に全国高校サッカー選手権に出場。その他の高校は2チーム参加制になる以前に出場したのが7校であり、以後に出場しているのは前出の東亜学園と創価高校の2校である。